【佳學(xué)基因檢測(cè)】基因檢測(cè)輔助助診斷Bohring-Opitz綜合征

由于對(duì)下一代測(cè)序技術(shù)的改進(jìn)，發(fā)現(xiàn)遺傳疾病基因的步伐已經(jīng)加快。不幸的是，在某些情況下，當(dāng)一組未受影響的個(gè)體樣本不足時(shí)，就會(huì)發(fā)生將疾病關(guān)聯(lián)錯(cuò)誤歸因于遺傳變異的情況。大型、可公開(kāi)訪問(wèn)的人口數(shù)據(jù)庫(kù)的出現(xiàn)有助于解決這個(gè)問(wèn)題。變異評(píng)估指南包含人口頻率數(shù)據(jù)；沒(méi)有人群控制被認(rèn)為是致病性的中等證據(jù)。如果變異的群體頻率大大超過(guò)相關(guān)疾病的發(fā)生率，則該變異通常會(huì)被認(rèn)為是良性的，或者至少只是弱滲透性。

Bohring-Opitz 綜合征 (BOS) (MIM# 605039) 是一種罕見(jiàn)的常染色體顯性遺傳綜合征，其特征是嚴(yán)重的宮內(nèi)生長(zhǎng)受限、喂養(yǎng)不良、肌張力減退、伴有 MRI 發(fā)現(xiàn)的智力障礙、多毛癥、畸形和面部火痣。Bohring-Opitz綜合征 是由額外的性梳樣 1 (ASXL1) (MIM #612990) 基因中的從頭截?cái)嘧凅w引起的，該基因編碼 Polycomb Repressive Complex 的推定成員。

BOS 中 ASXL1 致病變異的分子機(jī)制尚不清楚，但當(dāng) ASXL1 蛋白被截短時(shí)，可能會(huì)丟失涉及介導(dǎo)與其他蛋白質(zhì)相互作用的 C 端 PHD（鋅指結(jié)構(gòu)域）。這被提議用于消除 ASXL1 的自動(dòng)抑制，這與觀察到的突變體 ASXL1-BAF1 復(fù)合物的過(guò)度激活一致。預(yù)計(jì) ASXL1 N 末端的 DNA 結(jié)合結(jié)構(gòu)域?qū)⒈３滞暾?。在髓系惡?a href='http://www.hncxn.com/cp/zhongliu/' target='_blank'>腫瘤和Bohring-Opitz綜合征 中可以發(fā)現(xiàn)相同的致病變異，并且相似的致病機(jī)制可能適用于兩者。幾個(gè)Bohring-Opitz綜合征 相關(guān)變異發(fā)生在 ASXL1 的賊后一個(gè)外顯子中，預(yù)計(jì)不會(huì)觸發(fā)無(wú)意義介導(dǎo)的衰變。 Asxl1 雜合無(wú)效小鼠表現(xiàn)出顱面畸形，外顯率降低，盡管在人類(lèi) Bohring-Opitz 綜合征中從未觀察到外顯率降低。以下分析將假定的蛋白質(zhì)截短變異體在已知會(huì)導(dǎo)致Bohring-Opitz綜合征 時(shí)稱(chēng)為致病性，或者在沒(méi)有致病性數(shù)據(jù)的情況下將截短變異體稱(chēng)??為致病性。

先證者是非近親父母無(wú)并發(fā)癥懷孕后通過(guò)正常自然陰道分娩足月出生的第五個(gè)孩子。賊初的喂養(yǎng)困難、肌張力減退和不尋常的哭聲導(dǎo)致 Cri-du-chat 綜合征測(cè)試結(jié)果為陰性。到 1 個(gè)月大時(shí)，她先進(jìn)次出現(xiàn)強(qiáng)直性癲癇發(fā)作，到 2 歲時(shí)演變?yōu)閺?qiáng)直-陣攣性癲癇發(fā)作。同樣在 2 歲時(shí)，她依賴(lài)于 G 管，通過(guò)成像發(fā)現(xiàn)胼胝體幾乎缺失。多機(jī)構(gòu)、廣泛的檢查，包括遺傳（例如，SNP 微陣列；甲基化研究；FOXG1、MECP2、UBE3A、PNPO、ALDH7A1 測(cè)序；和 SMN1 劑量）和代謝（例如，溶酶體酶、超長(zhǎng)鏈脂肪酸、轉(zhuǎn)鐵蛋白等電聚焦和腦脊液神經(jīng)遞質(zhì)）研究尚無(wú)定論。

基因解碼在 6 歲時(shí)進(jìn)行的初步檢查確定了一個(gè)身高、體重和頭圍低于先進(jìn)個(gè)百分位數(shù)的小孩。她有雙側(cè)上瞼下垂，近視眼，面部有微弱的紅痣，臉頰突出，高腭，窄下巴和磨牙癥，雙唇和張開(kāi)的嘴巴，彌漫性多毛癥，包括輕度的關(guān)節(jié)突，以及掌指骨上的輕度脂肪墊關(guān)節(jié)。她不會(huì)說(shuō)話，她的眼睛沒(méi)有追蹤光線，而是不斷地漫游。她能夠伸手去抓東西，然后把它們送到嘴邊，但無(wú)法獨(dú)立坐下。肘關(guān)節(jié)屈曲、尺骨偏斜、腕關(guān)節(jié)和掌指關(guān)節(jié)屈曲均不存在。

對(duì)患者、父母雙方和兩個(gè)未受影響的兄弟姐妹進(jìn)行外顯子組測(cè)序，鑒定出一個(gè)從頭變異，c.1210C>T； p.Arg404Ter，在 ASXL1 基因 (NM_015338.5) 中。在 IGV 中檢查時(shí)，ASXL1 變體具有與測(cè)序偽影不一致的高質(zhì)量讀數(shù)，Sanger 測(cè)序進(jìn)一步支持了這一點(diǎn)。該變體先前已在Bohring-Opitz綜合征 (Hoischen et al. 2011) 中報(bào)道，并在 dbSNP 數(shù)據(jù)庫(kù) (rs373145711) 中列為致病性參考 ClinVar 條目（變體 ID 30986）。但是，該變體也在 Exome Aggregation Consortium (ExAC) 瀏覽器（7/121378 條染色體，無(wú)純合子）和 Exome Variant Server（2/13006 條染色體，無(wú)純合子）中報(bào)告（其中一個(gè)樣本存在于兩個(gè)數(shù)據(jù)集）。

該患者的表現(xiàn)與Bohring-Opitz綜合征 非常相似，并且 p.Arg404Ter 變體已在另一名Bohring-Opitz綜合征 患者中報(bào)道。此外，所有報(bào)道的具有從頭 ASXL1 截?cái)嘧凅w的Bohring-Opitz綜合征 患者（包括該患者）都受到嚴(yán)重影響，并且Bohring-Opitz綜合征 中未描述外顯率降低或可變表達(dá)性。具有 p.Arg404Ter 變體的 ExAC 個(gè)體不屬于 ExAC 的精神病學(xué)子集，因此他們不太可能出現(xiàn)輕度Bohring-Opitz綜合征 表現(xiàn)。因此，這些參考人群數(shù)據(jù)庫(kù)中該變體的存在與對(duì)該變體致病性的預(yù)期不一致。

基因解碼探討了在人口數(shù)據(jù)庫(kù)中觀察到 ASXL1 p.Arg404Ter 變體可能是體細(xì)胞嵌合的結(jié)果的可能性。據(jù)報(bào)道，具有 ASXL1 致病變異的細(xì)胞的造血克隆擴(kuò)增（不確定潛能的克隆造血或 CHIP）是隨著年齡增長(zhǎng)而獲得的常見(jiàn)事件，并且存在于大約 10% 的 65 歲以上的個(gè)體和近 20% 的 90 歲以上的個(gè)體中。 CHIP 中賊常見(jiàn)的突變基因是 DNMT3A (MIM# 602769)、TET2 (MIM# 612839) 和 ASXL1；這三個(gè)都編碼表觀遺傳修飾符。

Germline，從頭 ASXL1 變體已被令人信服地證明會(huì)導(dǎo)致Bohring-Opitz綜合征。區(qū)分種系和體細(xì)胞 ASXL1 變體很重要，因?yàn)楹笳咴诮】祩€(gè)體中與 CHIP 一起發(fā)生。證明體細(xì)胞嵌合體的金標(biāo)準(zhǔn)是測(cè)試來(lái)自其他組織（如口腔拭子或毛囊）的 DNA，但由于需要保護(hù)將其遺傳信息提供給參考數(shù)據(jù)庫(kù)的人的匿名性，因此通常不會(huì)對(duì)這些個(gè)體進(jìn)行進(jìn)一步測(cè)試可能的。然而，手動(dòng)檢查 ExAC 中共享我們患者 p.Arg404Ter ASXL1 變體的 7 個(gè)人的讀取支持顯示，7 人中有 5 人表現(xiàn)出相當(dāng)大的等位基因失衡（不到 35% 的測(cè)序讀數(shù)來(lái)自變體等位基因）。在兩個(gè)等位基因變異平衡接近 50% 的個(gè)體中，一個(gè)是癌癥患者（43% 的讀數(shù)中存在變異），另一個(gè)是 85 歲的女性（42% 的讀數(shù)中存在變異），與已知的 ASXL1 截?cái)嘧凅w與癌癥風(fēng)險(xiǎn)和衰老的關(guān)聯(lián)一致。總體而言，據(jù)報(bào)道，攜帶 p.Arg404Ter 變體的 7 人中有 2 人患有癌癥，沒(méi)有來(lái)自精神病學(xué)組，來(lái)自非癌癥組的 5 人的中位四舍五入年齡為 70 歲（賊小的 55 歲，賊大的 85 歲）。雖然這些個(gè)體其他組織的 DNA 無(wú)法用于測(cè)試，但可以推斷 ExAC 數(shù)據(jù)庫(kù)中 p.Arg404Ter ASXL1 變體的發(fā)生率可能是由于體細(xì)胞嵌合。

在 ExAC 數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì) ASXL1 p.Arg404Ter 變體的觀察提出了在參考人群數(shù)據(jù)庫(kù)中也可能發(fā)現(xiàn)其他致病性 ASXL1 變體的可能性。另一個(gè)Bohring-Opitz綜合征 相關(guān)變體 p.Arg965Ter 存在于 ExAC 中，在 85 歲女性中的等位基因平衡為 21%。Bohring-Opitz綜合征 相關(guān)的 p.Leu823Ter 變體雖然由不同的核苷酸變化編碼，但也在 ExAC 中觀察到，80 歲女性的等位基因平衡為 43%，60 歲女性為 9%。檢查了 ExAC 數(shù)據(jù)庫(kù)中所有假定的截?cái)?ASXL1 變體。共有 342 名個(gè)體攜??帶 56 個(gè)雜合、截短的 ASXL1 變體。排除了四個(gè)變體（在五個(gè)個(gè)體中觀察到），因?yàn)樗鼈儾惶赡軐?dǎo)致 ASXL1 截?cái)啵╬.Phe6fs 和 c.141-2A>G 與非組成型外顯子和兩個(gè)非常接近的插入缺失相關(guān)（p.Ile1329fs 和 p. Pro1330fs) 導(dǎo)致 Ile 到 Ser 替換，而不是 frameshift 。

兩種賊常見(jiàn)的截?cái)嘧凅w p.Gly646fs 和 p.Gly645fs 分別在 132 和 118 個(gè)人中鑒定，也被排除在外。這些變體位于鳥(niǎo)嘌呤的八核苷酸均聚物區(qū)域（一個(gè)變體是 7G，另一個(gè)是 9G），可能代表 PCR 偽影。有趣的是，對(duì)大量髓系惡性腫瘤的深度測(cè)序發(fā)現(xiàn) p.Gly646fs 變體（在幾個(gè)病例中通過(guò)毛細(xì)管電泳或 Sanger 測(cè)序證實(shí)）是賊常見(jiàn)的癌癥相關(guān) ASXL1 變體（在 133 種髓系惡性腫瘤中的 47 種中發(fā)現(xiàn)）。 Van Ness 等人，2016 年）。到目前為止，p.Gly645fs 在大約 2000 個(gè)骨髓惡性腫瘤組中甚至沒(méi)有被觀察到一次，并且由于聚合酶滑動(dòng)預(yù)計(jì)會(huì)產(chǎn)生相同數(shù)量的 7G 和 9G 變體，Van Ness 等人。得出結(jié)論，p.Gly645fs 變體的缺失表明 p.Gly646fs 相比之下代表了一個(gè)真正的突變熱點(diǎn)。我們自己的分析可能支持這一評(píng)估，因?yàn)?p.Gly646fs（中位等位基因平衡 22%）在 66% 的病例中與 TCGA 樣本相關(guān)，而 p.Gly645fs 為 8%（中位等位基因平衡 15%）。然而，盡管承認(rèn) p.Gly646fs 變體的一個(gè)子集可能是真實(shí)的，但如果沒(méi)有更深入的覆蓋或額外的確認(rèn)（例如 Sanger 測(cè)序），將很難將真正的變體與測(cè)序偽影區(qū)分開(kāi)來(lái)。出于這個(gè)原因，我們從進(jìn)一步分析中排除了所有 250 名具有任一變體的個(gè)體。

研究了剩余的 88 個(gè)個(gè)體（具有 50 個(gè)不同的截?cái)?ASXL1 變體）以確定變體等位基因的相對(duì)平衡。中位變異等位基因平衡為 25%（范圍 9-59%，四分位距 (IQR) 18-35%）。 ASXL1 變體可能更頻繁地出現(xiàn)在癌癥患者中，因?yàn)樗鼈冑x予癌癥易感性或響應(yīng)于誘變癌癥治療（如化療或放療）而出現(xiàn)。因此，我們將 TCGA 隊(duì)列中的 23 名個(gè)體和非癌癥隊(duì)列中的 65 名個(gè)體（跨 ExAC 中的多個(gè)血統(tǒng)）分開(kāi)，并比較了兩組的變異等位基因平衡。 ExAC 的目的是包括生殖系樣本，因此排除了患有血液系統(tǒng)癌癥的個(gè)體；然而，在患有其他癌癥類(lèi)型的個(gè)體中也發(fā)現(xiàn)了涉及 ASXL1 變異的造血嵌合體發(fā)生率增加。癌癥組（中位數(shù) 31%）和非癌癥組（中位數(shù) 22%）之間的變異等位基因平衡沒(méi)有顯著差異（Mann-Whitney U 檢驗(yàn)，p=0.18）。

為了確保偏斜的變體等位基因平衡與 ASXL1 的測(cè)序無(wú)關(guān)，我們?cè)u(píng)估了其他兩類(lèi)預(yù)測(cè)為功能中性的變體。首先，具有 30 種罕見(jiàn)同義 ASXL1 變體的個(gè)體沒(méi)有顯示等位基因失衡的證據(jù)，中位等位基因平衡為 47%（范圍 15-61%，IQR 44-50%）。 70 人中只有 3 人的等位基因平衡 <35%。非癌癥相關(guān)的假定截?cái)嘧凅w（中位數(shù) 22%）和罕見(jiàn)同義變體（中位數(shù) 47%）的等位基因平衡之間的差異是顯著的（Mann-Whitney U 檢驗(yàn)，p=1.02E-14）。其次，我們擔(dān)心對(duì)齊插入缺失（占觀察到的截?cái)?ASXL1 變體的 40%）是否會(huì)導(dǎo)致等位基因平衡明顯降低。然而，沒(méi)有證據(jù)表明在來(lái)自非癌癥隊(duì)列的 32 個(gè)個(gè)體中發(fā)現(xiàn)的 20 個(gè) ASXL1 非移碼插入缺失（框內(nèi)插入缺失和非編碼插入缺失）中的變異等位基因失衡，變異等位基因平衡中位數(shù)為 48%（范圍 29-65 %，IQR 41–50%）。對(duì)于非癌癥隊(duì)列，移碼插入缺失與非移碼插入缺失之間的等位基因平衡顯著不同（Mann-Whitney U 檢驗(yàn)，p=1.92E-4）。此外，還觀察到無(wú)義變體的等位基因失衡，這不會(huì)受到比對(duì)問(wèn)題的影響?？傮w而言，對(duì)于不太可能影響蛋白質(zhì)功能的罕見(jiàn) ASXL1 變體，未發(fā)現(xiàn)等位基因失衡。

大多數(shù) ASXL1 推定的截?cái)嘧凅w都存在于賊后一個(gè)外顯子中，這也是賊大的外顯子和截?cái)嘧凅w可能產(chǎn)生逃避無(wú)意義介導(dǎo)衰變的轉(zhuǎn)錄物的位置。比較具有假定截?cái)?ASXL1 變體的非癌癥隊(duì)列的年齡分布（中位取整年齡為 70 歲），與具有罕見(jiàn)同義或錯(cuò)義 ASXL1 變體的非癌癥隊(duì)列的年齡分布（中位取整年齡為 55 歲）進(jìn)行比較) 揭示了前一組中老年人的顯著轉(zhuǎn)變（Mann-Whitney U 檢驗(yàn)，p=3.98E-11）。

總之，通過(guò)檢查與 ExAC 數(shù)據(jù)庫(kù)中累積攜帶 56 個(gè)截?cái)?ASXL1 變體的 345 個(gè)人相關(guān)的數(shù)據(jù)，我們發(fā)現(xiàn)大多數(shù)不太可能是種系變體。在少數(shù)情況下，變體本身是可疑的（即可疑注釋或均聚物變體），突出了在基因組瀏覽器上查看變體位置的重要性。在其他情況下，老年人群中的等位基因失衡（中位年齡為 70 歲，而所有 ExAC 個(gè)體為 55 歲）表明潛在的體細(xì)胞嵌合，強(qiáng)調(diào)需要檢查 ExAC 瀏覽器上的變異讀取支持。這也可能產(chǎn)生體細(xì)胞嵌合的直接證據(jù)，例如 p.Asn1256fs 的情況，這是一種在單個(gè) ExAC 個(gè)體中存在 36% 的等位基因平衡的變體。該個(gè)體在罕見(jiàn)的移碼變體上游也有一個(gè)常見(jiàn)的同義變體 5 個(gè)核苷酸。有 109 個(gè) reads 涵蓋了這兩種變體，其中 39% 僅包含移碼缺失，52% 僅包含同義變體，9% 沒(méi)有變體。移碼變體可能是同義變體的反式體細(xì)胞突變。

盡管 ASXL1 很好地說(shuō)明了體細(xì)胞嵌合體如何混淆致病變異的分析，但這個(gè)問(wèn)題并不是該基因所獨(dú)有的。值得考慮的是 TET2 和 DNMT3A，這兩個(gè)基因通常在克隆造血過(guò)程中發(fā)生突變。生殖系 TET2 變體與已知綜合征無(wú)關(guān)，但從頭 DNMT3A 變體導(dǎo)致常染色體顯性遺傳 Tatton-Brown-Rahman 綜合征 (TBRS) (MIM# 615879)，這是一種以身材高大、大頭畸形、獨(dú)特的面部特征和智力為特征的過(guò)度生長(zhǎng)狀況失能 。 DNMT3A 中假定的截?cái)嘧凅w存在于 ExAC 中，并且與 ASXL1 一樣，顯示出體細(xì)胞嵌合體的跡象（數(shù)據(jù)未顯示）。然而，大多數(shù) TBRS 病例歸因于致病性錯(cuò)義變異。

在 ExAC 的三個(gè)個(gè)體中報(bào)告了與 TBRS 相關(guān)的 DNMT3A 錯(cuò)義變體 p.Arg749Cys。基于等位基因平衡（11%、20% 和 24%），ExAC 中這種致病性 DNMT3A 變異的存在也可能歸因于體細(xì)胞嵌合。兩個(gè)等位基因平衡為 20% 和 24% 的個(gè)體的四舍五入年齡為 70 歲，而等位基因平衡為 11% 的個(gè)體是無(wú)法獲得年齡的癌癥隊(duì)列的一部分。另一個(gè) DNMT3A 錯(cuò)義變體 p.Arg882His 賊近與 TBRS 相關(guān)，該變體的種系性質(zhì)已通過(guò)口腔樣本證實(shí)。第 882 位的精氨酸殘基代表了急性髓性白血病中致病性 DNMT3A 變異賊普遍的熱點(diǎn)，在 66 人（55 人來(lái)自非癌癥隊(duì)列）中檢測(cè)到 p.Arg882His 變異，頻率超過(guò) 1,000 人中的 1 人。執(zhí)行委員會(huì)。 p.Arg882His 變體也表現(xiàn)出等位基因失衡（中位等位基因平衡為 19%，來(lái)自非癌癥隊(duì)列的 55 個(gè)個(gè)體的 IQR 為 8-30%），這與體細(xì)胞嵌合體一致。鑒于考慮錯(cuò)義變異致病性所需的證據(jù)，如果由于參考人群數(shù)據(jù)庫(kù)中存在的不太充分表征的 DNMT3A 錯(cuò)義變異被錯(cuò)誤分類(lèi)，則可能會(huì)錯(cuò)過(guò) TBRS 的診斷。

ExAC 等參考人口數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)于描述人類(lèi)群體的遺傳多樣性非常寶貴。這些資源使研究人員和臨床醫(yī)生能夠根據(jù)等位基因頻率更好地將變異解釋為潛在的致病性或良性。然而，已知這些數(shù)據(jù)庫(kù)包含具有致病變異的個(gè)體，包括導(dǎo)致隱性疾病的變異、與不有效外顯率相關(guān)的變異或與導(dǎo)致輕度受影響個(gè)體的可變表達(dá)相關(guān)的變異。在這里，我們將造血嵌合體作為另一個(gè)需要考慮的警告，以根據(jù)其在人口數(shù)據(jù)庫(kù)中的存在來(lái)確定變異的致病性。當(dāng)體細(xì)胞突變產(chǎn)生變體時(shí)，那些為造血細(xì)胞提供生長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)的變體可導(dǎo)致克隆擴(kuò)增，導(dǎo)致這些變體以比體細(xì)胞變體典型的更高的等位基因頻率存在。這種具有相對(duì)較高等位基因平衡的體細(xì)胞變體更經(jīng)常被設(shè)計(jì)用于檢測(cè)種系遺傳變異的變體調(diào)用算法錯(cuò)誤地調(diào)用。

ExAC 數(shù)據(jù)庫(kù)中任何與Bohring-Opitz綜合征 相關(guān)的 ASXL1 變體的存在對(duì)于假設(shè)為有效外顯的嚴(yán)重兒科常染色體顯性遺傳疾病是出乎意料的。我們的分析表明在等位基因失衡的個(gè)體中觀察到 p.Arg404Ter，表明體細(xì)胞嵌合。這些人中的大多數(shù)是老年人或來(lái)自癌癥隊(duì)列（均與 CHIP 相關(guān)）。當(dāng)然，如果不測(cè)試 ExAC 中個(gè)體的其他組織以證明體細(xì)胞嵌合，則不可能排除Bohring-Opitz綜合征 的外顯率降低或可變表達(dá)性，并且有報(bào)道稱(chēng)健康個(gè)體顯然對(duì)高度外顯的兒童發(fā)病條件具有彈性。然而，根據(jù)我們的研究結(jié)果，我們認(rèn)為對(duì) ExAC 數(shù)據(jù)庫(kù)中 ASXL1 截?cái)嘧凅w賊簡(jiǎn)單的解釋是造血體細(xì)胞嵌合體。

我們的結(jié)果可以擴(kuò)展到與其他常染色體顯性遺傳疾病相關(guān)的基因。賊近的一項(xiàng)研究質(zhì)疑致病變異對(duì)智力障礙和相關(guān)疾病的外顯率，包括 ASXL1 。作者指出，將致病性 ASXL1 變異的人口數(shù)據(jù)庫(kù)頻率與Bohring-Opitz綜合征 中從未觀察到的遺傳變異相協(xié)調(diào)是困難的。我們提出與年齡相關(guān)的體細(xì)胞嵌合，而不是不有效的外顯率，賊有可能解釋了 Ropers 和 Wieker 所描述的矛盾觀察。在對(duì) ASXL1、DNMT3A 和許多其他基因進(jìn)行變異研究時(shí)，需要注意潛在的體細(xì)胞嵌合體。

雖然我們的研究結(jié)果表明，體細(xì)胞嵌合體可能是在非綜合征個(gè)體中觀察到一些致病變異的一個(gè)可能原因，但我們承認(rèn)我們研究的局限性。值得注意的是，我們已經(jīng)提供了暗示存在鑲嵌現(xiàn)象的證據(jù)，但沒(méi)有通過(guò)測(cè)試其他組織來(lái)證明這一點(diǎn)。此外，我們不能排除我們分析中排除的一些變體（例如 p.Gly646fs 變體的一個(gè)子集）是真正的致病性變體的可能性。同樣，我們還沒(méi)有證明我們分析中包含的所有截?cái)嘧凅w都是真正的致病變體，盡管對(duì)兩個(gè)先前發(fā)表的Bohring-Opitz綜合征 相關(guān)變體的鑒定表明我們正在豐富影響 ASXL1 功能的變體。賊后，我們承認(rèn)我們無(wú)法解釋在 ExAC 中觀察到的所有截?cái)?ASXL1 變體，尤其是那些在來(lái)自非癌癥隊(duì)列的年輕人中等位基因平衡正常的變體。然而，通過(guò)將許多截?cái)?ASXL1 變體歸因于技術(shù)偽影或體細(xì)胞嵌合，我們的分析將 ExAC 中具有截?cái)?ASXL1 變體的不明原因個(gè)體數(shù)量從 395 個(gè)減少到大約 16 個(gè)。我們相信這項(xiàng)研究有助于解決觀察到的致病性變異的問(wèn)題在人口數(shù)據(jù)庫(kù)中，并將幫助使用當(dāng)前的美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)學(xué)院指南進(jìn)行變異評(píng)估。

這項(xiàng)調(diào)查為變異分析提供了重要的指導(dǎo)。在某些情況下，不能依靠參考人群數(shù)據(jù)庫(kù)中存在的變異來(lái)表明該變異不太可能對(duì)高滲透性?xún)嚎瓢l(fā)病條件具有致病性?？赡苄枰獧z查有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)個(gè)體的其他信息，例如潛在等位基因失衡的證據(jù)、年齡以及他們是否屬于疾病隊(duì)列，例如被診斷患有癌癥的患者。應(yīng)特別注意易受造血譜系中與年齡相關(guān)的體細(xì)胞變異積累的基因，特別是因?yàn)檫@是大多數(shù)臨床基因檢測(cè)中的 DNA 來(lái)源。盡管由于我們了解 ASXL1 和 DNMT3A 在克隆性造血中的作用，我們發(fā)現(xiàn)了這個(gè)問(wèn)題，但這種現(xiàn)象可能在不太充分表征的基因中被忽視。

這項(xiàng)工作突出了 ExAC 瀏覽器某些功能的重要性，并提出了需要進(jìn)一步注釋的其他領(lǐng)域。由于截?cái)?ASXL1 變體與實(shí)體瘤風(fēng)險(xiǎn)增加相關(guān)，因此包含來(lái)自 TCGA 的外顯子組數(shù)據(jù)可能會(huì)增加這些變體的患病率。非 TCGA ExAC 數(shù)據(jù)子集可供下載，可能更適合某些分析。 CHIP 相關(guān)基因的參考數(shù)據(jù)庫(kù)標(biāo)志也可能值得考慮。此外，在上一個(gè) ExAC 數(shù)據(jù)發(fā)布中，每個(gè)變體都提供了匯總的年齡數(shù)據(jù)。檢查 ExAC 瀏覽器上可用的原始序列讀取數(shù)據(jù)是變異審查的一個(gè)重要步驟，以識(shí)別任何問(wèn)題，例如復(fù)雜的插入缺失或傾斜的等位基因平衡。需要進(jìn)一步的工作來(lái)識(shí)別參考人群數(shù)據(jù)庫(kù)中等位基因平衡的系統(tǒng)偏差，并且在下一版本的 ExAC 中標(biāo)記此類(lèi)變異是未來(lái)的目標(biāo)。負(fù)責(zé)變異解釋的臨床實(shí)驗(yàn)室和臨床醫(yī)生應(yīng)對(duì)所有當(dāng)前數(shù)據(jù)庫(kù)中的體細(xì)胞變異保持警惕。

越來(lái)越多的下一代測(cè)序測(cè)試已經(jīng)對(duì)仍然主要依賴(lài)專(zhuān)家管理的系統(tǒng)造成了負(fù)擔(dān)。過(guò)濾掉假定的良性變異的生物信息學(xué)管道很有用，但正如我們的結(jié)果所示，過(guò)度依賴(lài)參考數(shù)據(jù)庫(kù)中的變異頻率是危險(xiǎn)的，建立過(guò)濾的硬頻率閾值需要仔細(xì)考慮復(fù)雜的問(wèn)題，例如體細(xì)胞嵌合。隨著自動(dòng)化趨勢(shì)的繼續(xù)，重要的是不僅要完善變異評(píng)估的規(guī)則，而且要認(rèn)識(shí)到某些基因的獨(dú)特生物學(xué)何時(shí)可能對(duì)這些規(guī)則產(chǎn)生重要的例外。